O Colégio Átomo iniciou suas atividades em 2001, nos segmentos do Ensino Fundamental e Médio. A partir de 2003 passou a oferecer também Educação Infantil.
Seus fundadores atuam na área educacional em Presidente Prudente há mais de cinco décadas. A missão tem sido oferecer um ensino de qualidade, ministrado por professores competentes e qualificados, a alunos comprometidos com o próprio aprendizado.
A escola está localizada em um bairro tranquilo e de fácil acesso. Com instalações amplas e modernas, oferece acessibilidade e bem-estar à comunidade escolar e visitantes. Seus três blocos de prédios totalizam mais de 5.000 m2 de área construída, contando com laboratório, salas ambiente, quadra poliesportiva, parques infantis, pátio e palco, além de salas de aula modernamente equipadas. Atualmente comporta 550 alunos de 3 a 17 anos, atendidos nos períodos da manhã e da tarde.
Uma importante característica do colégio é o constante incentivo ao hábito de estudo. Com base nos valores de colaboração e comprometimento, a equipe estimula a participação da família na vida escolar do aluno, reforçando uma parceria de sucesso em prol de sua boa educação e desenvolvimento.